菏泽市人民检察院下辖牡丹区、曹县、单县、成武、巨野、郓城、鄄城、定陶、东明9个县（市、区）检察院和开发区院1个派出检察院，市院机关下设办公室、政治部、侦查监督处、公诉处、反贪污贿赂局、反渎职侵权局、监所检察处、民事行政监察处、控告申诉检察处、职务犯罪预防处、检察技术处、法律政策研究室、警务处、行政装备处、监察处、离退休干部处、机关党委等17个内设机构。市院共有编制210个，实有162人。