结核性直肠炎多由肺部结核病灶继发感染所致。多来自结核回盲部病变，向下传播至结肠及直肠，初起病变在粘膜下层淋巴组织内生成结节，多数结节融合，使粘膜表面隆起，结节破裂形成溃疡。溃疡呈圆形或椭圆形，边缘不整齐，呈潜行性，肠壁变厚，有时向溃疡深部发展，形成脓肿和瘘管。如溃疡治愈，结节组织收缩，可使直肠狭窄。