有机锰化合物是锰和碳元素直接结合所形成的金属有机化合物。在含锰的有机化合物工业生产中，锰的羰基化合物和氨基甲酸盐这两类物质造成了环境污染问题。由于锰的羰基化合物可提高汽油的辛烷值，可替代四乙基铅。苏联开发了三羰基环戊二烯锰(MCT)，美国在这化合物上加上甲基，开发了三羰基甲基环戊二烯锰(MMT)，这两种物质均为淡黄褐色液体，有经皮肤毒性和吸入毒性。锰的氨基甲酸盐用作农用杀虫剂，以亚已基二硫代氨基甲酸锰为主要成分的代森锰(maneb)和与锌复合成的代森锌锰(mancozeb)，都能使大鼠致畸。