由于长期大量使用，进入土壤中的化肥，一部分未被作物吸收利用和未被根层土壤吸收固定，在土壤根层以下积累或转入地下水，成为污染物质。施入土壤中的氮肥不论是以氨盐的形式还是硝酸盐的形式进入土壤中后都被硝化和亚硝化细菌转变为硝酸盐。土壤中大量的硝酸盐会在蔬菜和饲料作物中积累，并通过食物链影响人体健康。