颌翼龙的颚部碎片是在1832年于德国南部的索伦霍芬石灰岩层发现，并曾误认为是鳄鱼颚部的碎片。直到一个世纪后，1951年发现了一个颌翼龙的头颅骨，才发现它们属于翼龙类。