丽江黄耆变种与原变种的区别在于，羽状复叶的叶片较大；托叶长超过5毫米；小叶片也较大；花萼常被黑褐色伏贴毛，萼齿钻形，长6-8毫米，较萼筒长；子房含多数胚珠（种子肾状圆形，长宽各1.5-2毫米，绿褐色，具暗黑色斑点）。花期7-8月，果期9-10月。