荒漠毛跖鼠是危害固沙植物的主要害鼠。它们喜栖息于荒漠或半荒漠草原地区的沙丘地带。在农田中也有它们活动。洞穴浅，构造简单，常建造于沙丘的斜坡及沙埂灌丛下，鼠进洞后常将洞口用土堵塞，洞口不甚明显。洞道很少分支，一般洞深50-100厘米，末端为巢室。