大耳窜鼠受到农业及畜牧主义，并入侵的猫及狐所威胁。最后的标本是于1843年采集的。它们可能是第一种因欧洲殖民而灭绝的澳洲哺乳动物。它们的标本现正存放在伦敦的自然历史博物馆。