扬州大学学报编辑部是在原江苏农学院、扬州师范学院、扬州工学院、江苏商业专科学校等高校学报编辑部的基础上，于1997年扬州大学合并办学5周年之际成立。1997年创刊《扬州大学学报（人文社会科学版）》（双月刊）、《扬州大学学报（高教研究版）》（季刊），2004年改为双月刊；1998年创刊《扬州大学学报（自然科学版）》（季刊）；1999年将《江苏农学院学报》更名为《江苏农业研究》；2002年将《江苏农业研究》更名为《扬州大学学报（农业与生命科学版）》（季刊）。