深农猪配套系由父系、母Ⅰ系、母Ⅱ系三个专门化品系组成，深农父系是以杜洛克猪为素材，母Ⅰ系是以长白猪为素材，母Ⅱ系是以大白猪为素材，于1990年组建基础群，经过四个世代选育而成。