主角是一个名叫司三四郎的男孩，那个“笔记本”是电脑控制器，是专门控制柔王丸的内部机体的，这部电脑里也有一个位置是放柔王丸的，后来柔王丸有思想和自主能力了，就不放这里面了。姿3四郎，姿家武馆的传人，但他不潜心钻研柔道而对数码金刚人的制作及比武产生兴趣，他带着他的数码金刚人“柔王丸”，打败了全国的冠军。在机缘巧合下，3四郎得到了一种可使伤残的金刚人再次发威的操作程序及配件，使“柔王丸”能如人般灵活，但此事引起军火商人的兴趣，使3四郎卷入一场阴谋中，遭到黑白两道的追击……