eva零号机（EVA00 PROTOTYPE /エウンゲリオン零号机） 是EVA系列最初开发成功的试作品，在第6话之前都作为测试用，以黄色为基本涂装。外形上与EVA系列其它几机不同之处是两肩没有用于装备武器的突出物体。蓝色的改装型于第11话登场，外形除头部之外与EVA二号机无差异。搭乘的驾驶员是第一适格者绫波丽，在故事第23话中她为了保护EVA初号机中的真嗣，启动了自爆程序，零号机与第十六使徒一起消失。