瑞丽海关始建于1951年6月15日，当时称勐卯支关，1956年1月1日改称瑞丽支关。1984年4月机构改革之后，正式改称瑞丽海关（正处级），隶属昆明海关领导。随着形势的发展和需要，海关总署于1992年在瑞丽设立了缉毒犬培训基地（正处级）。1999年，成立了瑞丽海关走私犯罪侦查支局，后改称瑞丽海关缉私分局（正处级）。目前在瑞丽市（不含畹町经济开发区）共有瑞丽海关、瑞丽海关缉私分局和海关总署缉私局瑞丽缉毒犬基地三个正处级海关单位，内设15个科室，现有关、警员123人。