福建海事局为正局级建制，隶属交通运输部，下辖一个副局级建制厦门海事局、六个正处级建制分支海事局（宁德、福州、莆田、平潭、泉州、漳州海事局）、一个正处级建制通信中心和一个正处级建制服务中心。