梧州市水利局为梧州市政府职能部门之一，下设六个职能科（室），分别为办公室、计划财务科、水政水资源科、水利科、水土保持科、防汛抗旱指挥部办公室，二层管理机构有水利工程管理与质量安全监督站、防洪排涝工程管理处、水利物资管理供应站、思龙冲水库工程管理所、思良江防洪排涝工程管理所等。