深圳市国家税务局成立于1994年9月28日。根据国家分税制改革安排部署，原深圳市税务局分设为“深圳市国家税务局”和“深圳市地方税务局”。深圳市国家税务局（以下简称“深圳市国税局”）是深圳市主管国家税收工作的职能部门，为正厅级全职能局。2018年6月15日上午10时许，国家税务总局深圳市税务局正式挂牌，标志着原深圳市国家税务局与原深圳市地方税务局正式合并。