南通市国家税务局于1994年9月12日成立，为正处级机构，实行由江苏省国税局垂直管理的领导体制，在机构、编制、经费、领导干部职务的审批等方面，按照下管一级原则，实行垂直管理。2018年7月5日，原南通市国家税务局、南通地方税务局正式合并组建为国家税务总局南通市税务局。