南宁市环境保护局是南宁市人民政府主管环境保护工作的工作部门。南宁市环境保护局下设7个科室，包括局办公室、规划财务科、政策法规科、自然生态保护科、监督管理科、污染控制科、人事教育科，现有编制28人。南宁市环境保护局下设5个直属单位，包括南宁市环境保护监测站、南宁市环境监察支队、南宁市环境保护科学研究所、南宁市环境宣传教育中心、南宁市环境信息中心。