中华人民共和国昆明海关是直属海关总署，实行垂直领导体制的局级机构。昆明海关机构设置基本与云南对外开放格局相适应。关区现有干部职工2340余人（包括缉私警察330余人）。辖区共有口岸25个，海关特殊监管区域2个，保税监管场所15个(2个保税物流园区中心B型、3个出口监管仓、10个保税仓库)。