巨野卫生局是下辖地方各级医院的主管部门。下设办公室、医政科、健教所、爱卫会等职能部门，分管食品卫生，执业医师法的实施，医疗事故的处理等等工作。负责贯彻执行国家卫生法律、法规和方针、政策，推进医药卫生体制改革。制定全县卫生改革与发展目标、规划和政策。