黑河市国家税务局于1994年分设成立，是黑河市人民政府主管全市国家税收工作的职能部门。全系统下辖北安市国家税务局、嫩江县国家税务局、五大连池市国家税务局、孙吴县国家税务局、逊克县国家税务局、爱辉区国家税务局，五大连池风景区国家税务局等八个县（市）区局。2018年7月5日，新组建的国家税务总局黑河市税务局挂牌成立，这标志着原黑河市国家税务局、黑河市地方税务局正式合并。