菏泽市规划局为主管全市城市规划工作的市政府工作部门。主要负责城市规划区内规划编制和管理工作。规划局内设7个职能科室，分别为办公室、总工程师办公室、规划管理科、建设工程规划科、市政工程规划科、监督检查科、政策法规科；下设城市规划信息中心、城建档案馆、测绘院、建设工程勘察院4个正科级事业单位，直属机构有开发区分局、牡丹区分局。