科室有防汛办公室、局办公室、人事监察科、水资源管理科、规划建设科、水利工程管理站、机电排灌站、围垦开发管理站、水土保持监督站、水库管理所、海塘管理所、河道管理所、水政监察大队、综合经营管理站、水利工程质量监督站、行政审批科、水利勘测设计分院、县水文站，在编人员共60多人。