伊宁海关成立于1950年6月5日，前身是以伊犁专区税务局关税科为基础组建的中华人民共和国伊宁支关，下设伊宁机场、苏木别卡子和驻伊犁邮局三个办事处。1977年8月，更名为“伊宁分关”。1985年3月29日升格为正处级海关。1986年9月更名为“伊宁海关”。