为适应常州地区开放型经济发展的需要，经国务院批准，1991年12月26日常州海关正式开关，隶属于南京海关。1993年经海关总署批准设立常州海关驻溧阳办事处，并于1996年4月8日正式开关。1999年8月17日，成立常州海关缉私分局。2006年1月，常州海关驻出口加工区办事处正式挂牌并封关运作；2007年9月28日常州海关驻武进办事处正式成立，管辖范围常州市武进区。