真菌门的亚门。因其无性生殖、产生具鞭毛的游动孢子而得名。它与接合菌亚门均因菌丝无隔膜而被长期放在一起，统称藻状菌。20世纪60年代以来，因本亚门真菌无性生殖产生能动的游动孢子、有性生殖形成卵孢子或休眠孢子囊，与接合菌亚门产生的不能动的孢囊孢子和接合孢子有本质的区别，因而被分为两个独立的亚门。