隐球菌属包括17个种和18个变种，其中仅新生隐球菌及其变种具有致病性。新生隐球菌几乎全部经肺入侵而感染人体，90%病损仅局限于肺部，10%可经血行传播扩散至其他器官。中枢神经系统及皮肤是最常见的继发感染的部位，该菌易侵犯中枢神经系统可能与脑脊液中存在的天门冬素及肌酐有助于菌生长有关。本病传播途径尚未阐明，当机体免疫力下降时，病原菌可直接侵入并引起血行传播，故长期使用免疫抑制剂或糖皮质激素的患者、艾滋病、白血病等患者易患本病。