陀头庙村位于北京市顺义区木林镇最南端，村南与杨镇沟东村接壤，西南分别与杨镇东疃村、红寺村接壤，东邻业兴庄，李各庄，西北与荣各庄村接壤。紧邻木燕路、杨木路。地势北高南低，土壤为潮褐土。平均海拔44.3米。