通州区第三中学前身是1915年创建的京兆女子师范学校，至今已有近百年历史。1963年学校改为北京市通县第三中学，1997年更名为北京市通州区第三中学，2003年前是完全中学，后成为独立高中，2011年8月，随胡各庄中学和南刘中学两所初级中学的并入，学校又成为完全中学。