褐斑刺尾鱼广泛分布于印度-太平洋区，西起红海、非洲东部，东至马贵斯及土木土群岛，北至日本，南至澳洲大堡礁及新加勒多尼亚。台湾各地海域及离岛均曾发现，以北部、东北部海域最多。