菏泽气象站于1953年10月建立，隶属山东省人民政府建制领导，由山东省气象局对台站实行垂直领导，全面管理。1980年7月以来，气象部门实行统一领导，分级管理，气象部门与当地政府双重领导，以气象部门领导为主的管理体制。