菌落原位杂交是原位杂交技术的另一种形式。通常应用于确定带有重组分子的细菌菌落中与探针同源的外源DNA插入片段。细菌菌落首先从培养皿上转移到硝酸纤维膜上，经过细胞裂解，DNA释放、变性和固定后与探针杂交。另一相似的技术是噬菌斑原位杂交，不同的是印迹在硝酸纤维膜上的是噬菌体而不是菌落。这些技术专门用来从基因文库或cDNA文库中筛选与探针同源的重组子。