生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒（HSV）感染所引起。在性病医院临床上单纯疱疹病毒分为两型即HSV-1和HSV-2。HSV-1通过呼吸道、皮肤和粘膜密切接触传染，主要引起口唇、咽、眼及皮肤感染，少数（约10%）亦可引起生殖器感染。HSV-2则是生殖器疱疹的主要病原体（90%），存在于皮肤和粘膜损害的渗出液、精液、前列腺分泌液、宫颈、阴道分泌液中，主要通过性交传染，引起原发性生殖器疱疹。