碘乙酰胺用于有机合成；也用于蛋白组学中半胱氨酸和组氨酸的烷基化试剂，可以保证蛋白质样品完全变性并保持还原状态，用于多肽测序以及酶抑制剂等，蛋白组学级试剂。