一种运行燃料系统（100）的方法。所述方法包括使用自重泄油过程来从至少一部分燃料系统中排出燃料。该方法还包括把氮气引入到至少一部分燃料系统中，以便从至少一部分燃料系统中去除空气和残留的燃料，从而减缓含碳沉淀微粒的形成。该方法进一步包括在燃料再充满过程中，使用排气过程从至少一部分燃料系统中除掉空气和氮气，使得至少一部分燃料系统基本上被燃料再充满并且基本上除清了其中的空气和氮气。该方法还包括使用排气过程从至少一部分再充满的燃料系统中除掉空气。该方法进一步包括在至少一部分燃料系统中再循环燃料，以便从至少一部分燃料系统中带走热量，并且有利于燃料工作模式的切换。