此类溶酶体中含有水解酶和相应的底物，是一种将要或正在进行消化作用的溶酶体。根据所消化的物质来源不同， 分为自噬性溶酶体、异噬性溶酶体。次级溶酶体（secondarylysosome）是含水解酶及相应底物，以及水解消化的产物，也即正在进行或已经进行消化作用的囊泡。所以，次级溶酶体又称活动性溶酶体（active lysosome）或消化泡（digestionvacuole）。其分布较广，形态具有多样性。