丽江蕗蕨是蕗蕨属小型蕨类。根状茎丝状，褐色，下端疏生纤维状根。叶远生；具丝状、褐色叶柄；叶片三角状卵形，三回羽裂。叶脉叉状，具分枝，褐色，两面稍隆起。叶为薄膜质，无毛。叶轴及羽轴褐色且有翅，无毛。孢子囊位于叶片顶部；囊苞圆形至扁圆形，上缘有波状细齿。