生理学上（狭义）：指微生物厌氧或兼性厌氧微生物在厌氧的条件下以某些有机化合物作为末端氢（电子）受体，氧化降解有机物获得能量的过程。工业上（广义）：泛指利用微生物生产各种产物的过程，即在人工控制的条件下，微生物通过本身新陈代谢活动，将不同的物质进行分解、转化或合成，生成人们所需要的酶、菌体或各种代谢产物的生产工艺过程。微生物发酵作用的两个共同点：（1）NADH被氧化成NAD+；（2）电子受体通常是丙酮酸或它的衍生物。在发酵过程中，底物仅被部分地氧化，ATP通过底物磷酸化的方式被合成，而且不需要氧。