南充农学院的前生为“四川省南充农业学校”，创建于1919年，1976年升格为南充农学院，1981年部分农学专业被并入四川农学院（现四川农业大学），并恢复为普通中专建制。1994年被原国家教委评定为国家级重点中专，是西南地区唯一的一所国家级农业重点中专。1995年被省教委授予省级校风示范学校。1999年再次被教育部评定为国家级重点中专。2003年4月经四川省人民政府批准（川府函200391号），国家教育部备案，由原南充教育学院、南充农业学校、四川省水利经济管理学校、南充工业学校合并组建南充职业技术学院。