本善寺是善行寺的别院。1961顷，善行寺塬有的纳骨室不敷使用。当时地方贤达人士建议，恭请 佛菩萨慈悲，南鲲鯓叁王爷协助指点吉祥福地，于佳里镇北郊区飞沙仑，南边建大雄宝殿及净房大寮等。东边建莲光宝塔于1964年鸠工兴建至1969年落成使用。