云峰寺始建于唐，兴盛了600多年，到元朝初年，由于四川居民坚决抵抗元军入侵，元始祖忽必烈对川人切齿痛恨，入川后大加焚烧杀戮，造成云峰寺被焚，僧俗流亡。到了明朝，战乱渐息，云峰寺内为数不多的贫僧八方化缘，开始修复寺庙。寺庙扩建工程有过两次高潮，一次是明朝中叶，另一次是清乾隆至道光年间。第二次修复扩建共持续了一百一十多年，扩建规模特别宏大，声势超过了历史上任何一次。云峰寺有名的“摇亭碑动”记载了此次修复扩建情况。纵观云峰寺上千年的历史，正可谓“始建于唐、兵毁于元、重修于明、续修于清”。