水韭亚门（Isoephytina）是蕨类植物门（Pteridophyta）的1个亚门。水韭过去作为一个目放在鳞叶门内，和石松目、卷柏目并列；近代则为石松亚门下的一个目。1978年秦仁昌发表中国蕨类植物系统时成立水韭亚门。