海百合亚门为海生有柄棘皮动物，其身体分为明显的喜、腕、茎三部分。它的茎被称为柄，大多数依靠着柄的固着力生活于海底，但也有少数无柄的种类则依靠萼部固定着，还有一些茎退化的种类漂浮着生活。它的蕈与腕合称为冠部，腕上有食物沟。本亚门包括：始海百合纲，海林檎纲，拟海百合纲，垫海蕾纲，拟海蕾纲，海蕾纲，鳞海林檎纲和海百合纲共八个纲，海林檎纲只有海百合类延续，其余七纲在古生代时就已经灭绝了。