优势菌种是对某种特定的污染物或者特定的某种废水具有较高的去除降解效果的细菌、真菌、酵母菌、藻类等微生物。这些具有某种特定降解能力的微生物可以被污染的水、土壤或驯化好的污泥中分离、纯化而得到，或通过基因手段改造微生物以使之具有特定的降解能力。优势菌种在特定的污染环境中能够存活，它们即使不能利用污水中的污染成分做养分来源，对环境也有一定的耐受能力。