微小波豆虫分类地位：动物界> 原生动物门 > 鞭毛纲 >眼虫目> 波豆科 > 波豆虫属。在波豆虫属中，个体为最小，虫体为豆形，两根鞭毛起源于前端凹沟内，前端的游泳鞭毛等于体长，后端的舵鞭毛则二倍于体长，伸缩泡一个位于前端鞭毛基粒下面，行动是缓慢地爬行，虫体长4-5μm、宽2-2.5μm。