苦瓜棉铃虫以幼虫蛀食蕾、花、果为主，也为害嫩茎、叶和芽；花蕾受害时，苞叶张开，变成黄绿色，2～3天后脱落。幼果常被吃空或引起腐烂而脱落，成果虽然只被蛀食部分果肉，但因蛀孔在蒂部，便于雨水、病菌流入引起腐烂。