极边扁咽齿鱼是黄河上游海拔3000米以上宽谷河段的独有鱼种，主要分布在星宿海、扎陵湖、鄂陵湖，以前是黄河上游鱼类中的绝对优势种群。由于近年来生态环境恶化，加之人为过度捕捞，这种鱼种群数量逐渐减少，现已被列入《中国濒危动物红皮书》和《中国物种红色名录》濒危物种。