卡拉虫属支配鞭毛运动的结构很复杂。4根鞭毛从1、2或4个毛基体长出。直的或弯曲棒状的副基体来自毛基体中之一，具有同源或异源结构。副基体在核之上侧。形状与位置多变，要证明它与中心体联系较困难。胞核在体前部，较大。