双孔亚纲是主干的爬行动物，在最初的爬行动物登场后不久就已经出现，虽然不是主要的爬行动物，但是随后一直成为爬行动物中占绝对优势的类群。鳞龙下纲是双孔亚纲中的原始类型，是出现于石炭纪晚期的第一批爬行动物之一，也是后来出现的各类新兴爬行动物的祖先。鳞龙下纲直到现代仍然繁盛，是现代最繁盛的爬行动物，包括现存爬行动物的绝大多数成员。