幼虫在果内取食为害，常使果实未熟先黄脱落，严重影响产量和质量。除柑桔外，尚能为害芒果、番石榴、番荔枝、阳桃、枇杷等250余种果实。成虫产卵于寄主果实，幼虫在果实中取食果肉并发育成长，幼虫成熟后从果实中外出并入土化蛹，成虫在土壤中羽化外出。作物果实受桔小实蝇幼虫的危害后，可造成落果或使果实失去经济价值，该虫严重发生的地区可造成作物绝收，或达80%以上的作物产量损失。我国列为国内外的检疫对象。